1. 1998年建立生物实验教学中心 1998年5月，生科院打破传统、分散、封闭的“单一式”管理模式，本着“统筹规划、优化重组、资源共享、提高效率”的原则，将原属各系的14个教学实验室按功能重组成植物生物学、动物生物学、微生物学、细胞生物学与遗传学、生化与分子生物学五大实验室，成立生物实验教学部，后改名生物实验教学中心。并提出了“强化基础训练、突出创新能力、提高综合素质”18字建设方针。2001年，中心的五大实验室全部通过天津市高等学校实验室的合格评估。其新型管理模式荣获天津市教学成果二等奖。 

2. 实验教学体系和实验教学队伍建设 中心坚持“以能力培养为核心”的实验教学观念，努力提高实验教学质量，构建了“三三”制新型实验教学体系。“生命科学本科实验教学改革和建设”2004年荣获天津市教学成果一等奖；中心采用固定与流动、专职与兼职相结合的聘用制用人机制组建了一支高水平的实验教学队伍。中心共57人，其中教授27人，具有博士学位的35人，70%教师有国外进修经历，是一支高素质的实验教学队伍。 

3. 高效管理运行机制建设 生物实验教学中心遵循实验教学规律和管理的需要，制定了一系列规章制度，建立了现代化运行机制和网络化信息平台，对中心进行规范化、制度化、科学化、网络化、人性化高效管理。 

4. 实验教学条件与环境建设 中心现有先进而齐全的仪器设备1142台（件），总值1300多万元。2004年8月，生物实验教学中心迁至新落成的综合实验楼内，使用面积由原来的1472平方米增加到2132平方米。除常规教学实验室外，还建有显微互动实验室、科研创新实验室、动物细胞培养室、植物组织培养室、微生物发酵工程室、公用仪器室、常用教学标本室等特殊功能实验室。实验室宽敞明亮，通风、照明良好，安全、环保设施齐全，完全符合实验室规范要求。 

5. 加强实验中心创新功能建设 为突出创新能力培养，1999年中心在全国高校中较早创立了“学生科研创新开放实验”。2000至2003年，在中心承担的“生物学本科实验教学创新体系的建立和实践”国家级教改项目的推动下，逐渐建成学生三级科研创新平台，形成多层次、多形式相结合的创新能力培养体系，使中心成为学生科研创新的重要基地。“构建学生科研平台，努力提高学生创新能力”2005年荣获国家级教学成果一等奖。 经多年的建设与实践，南开大学生物实验教学中心已发展成教育教学理念先进，实验教学体系科学，实验教学队伍素质高、结构合理，管理运行机制高效，创新能力培养特色鲜明，实验教学条件与环境优良，在国内高校中有重要影响的生物学实验教学中心。2005年被评为天津市高等学校优秀教学实验中心。